公司根据规章制度对员工进行扣款是否违法？

公司直接扣款违法，但扣发奖金工资需依法。依据《劳动法》，公司应依法建立规章制度，不得仅为处罚而制定。严重违规可致劳动合同解除，未及时处理可能引起劳动争议或法律纠纷。
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公司扣款需谨慎。操作如下：1.轻微违纪，批评教育，记录在案；2.较严重违纪，依据《员工手册》扣奖金或工资，需确保制度合法且员工知情；3.严重违纪，依法解除劳动合同，需确保证据充分，避免法律风险。
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处理员工违纪，可批评教育或依规处罚。选择方式需考虑违纪程度及公司规定，轻微违纪以教育为主，严重违纪可按规章制度处理，如扣奖金或解除合同。